上世纪初，香港海盗横行，频频劫掠商船，这种情况可能会损害各国商家的信心，也有可能动摇香港国际贸易中心的地位，为此当局成立了一支特警小队来维护海上治安。主角马如龙（成龙饰）在执行任务时遭受陷害，因此愤而离职。海盗头目罗三炮（狄威饰）绑架了官兵的家属作为人质，政府决定利用内线周永龄来协商。马如龙得知周永龄与海盗勾结的消息后，毅然决定拯救人质，他重新组建了水师，并制定了《A计划》，希望通过与上司洪天赐（元彪饰）以及好友卓一飞（洪金宝饰）的合作，最终将海盗一网打尽。